Solução de problemas comuns: rendimento, pureza e transporte de contas em laboratórios automatizados

Solução de problemas comuns: rendimento, pureza e transporte de contas em laboratórios automatizados

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Os altos riscos da extração automatizada

Em um ambiente de diagnóstico de alto rendimento, uma taxa de falha de 5% não é apenas um incômodo técnico, é um enorme gasto financeiro e um risco potencial para os resultados dos pacientes.Quando os protocolos de extracção automática de ácidos nucleicos falham, o culpado é frequentemente encontrado na interface doCálculos magnéticos de sílicaPara os gestores de laboratório e engenheiros de automação, identificar a causa raiz do baixo rendimento ou da baixa pureza é essencial para manter a eficiência operacional.

Problema 1: Rendimento subóptimo de ADN/ARN

O baixo rendimento é a queixa mais comum no diagnóstico molecular.

• Concentração de sal caotrópica:A ligação à sílica depende da desidratação da espinha dorsal do ADN.A concentração de sal pode cair abaixo do limiar necessário para uma ligação eficiente.

• Proporção entre as contas e as amostras:Mais contas nem sempre significam mais DNA, pois concentrações excessivas de contas podem levar a um "crowding", em que as contas se protegem umas às outras das moléculas alvo.

• Dinâmica de Incubação:Nos sistemas automatizados, a velocidade de mistura deve ser suficientemente alta para manter as contas em suspensão, mas suave o suficiente para evitar cortar o DNA genômico longo.

Problema 2: Má pureza e transferência de sal

O alto rendimento é inútil se a amostra resultante for "suja". A presença de sais residuais (guanidina) ou proteínas pode inibir a preparação da PCR ou da biblioteca NGS a jusante.

• O gargalo da "lavagem":A maioria das impurezas fica presa dentro do "aglomerado de contas" durante a separação magnética.Os engenheiros devem otimizar o tempo de resuspensão "fora de ímã" durante as etapas de lavagem para garantir que as contas sejam totalmente dispersas e as impurezas sejam liberadas no tampão de lavagem.

• Transporte de etanol:Se a etapa de secagem for muito curta, o etanol residual permanece na superfície da sílica." aprisionando o ADN e tornando a elução quase impossível.

Problema 3: O "assassino silencioso"

A transferência de contas ocorre quando pequenas quantidades de partículas magnéticas são aspiradas junto com o eluado.

• Interferência com a óptica:Na PCR em tempo real, as partículas residuais de óxido de ferro podem absorver ou dispersar a luz, levando a leituras de linha de base "ruidosas" ou falsos negativos.

• Inibição enzimática:Enquanto a sílica é inerte, o núcleo de ferro da esfera pode ser lixiviado se o pH do tampão de elução for muito baixo ou se as esferas forem deixadas no eluado por longos períodos.

• Solução:A implementação de uma etapa de "duplo ímã", em que o eluado é movido para uma placa fresca e colocado num ímã uma segunda vez, é uma das melhores práticas no manuseio automatizado de líquidos.

Problema 4: Agregação de contas e "aglomeração"

Se as contas não se resuspendem facilmente, o software de automação terá dificuldade em fornecer volumes precisos.

• Temperatura de armazenamento:O congelamento de grânulos magnéticos de sílica pode danificar permanentemente a casca de sílica e levar a uma agregação irreversível.

• Mudanças de pH:Se o tampão de armazenamento se deslocar para um pH ácido, a carga superficial da sílica se aproxima de seu ponto isoelétrico, fazendo com que as contas se aderam.

Conclusão: Optimização baseada em dados

Para os clientes B2B, a solução para estes problemas residepadronização.Ao fornecer contas de sílica de alta qualidade com uma distribuição certificada de tamanho estreito e usando protocolos compatíveis "Open-System",laboratórios podem minimizar o tempo de inatividade e maximizar o valor de seus ativos de diagnóstico.